3pls在为企业提供上述便利的同时，也存在着一些弊端。
首先，企业不能直接控制物流职能，不能保证供货的及时性和准确性，不能保证顾客服务的质量。
其次，3pls设计的方案通常都是针对不同的客户量身定制的，不具有广泛适用性。因此3pl公司不具有规模经济性，3pl公司在为客户减少了配送成本的同时，随之而来管理成本却会上升，因此为货主节约的最终成本非常有限。
第三，传统上，企业可以通过优化库存、利用地区服务代理商和3pl公司来满足客户不断增长的需要。但是到现在，客户需要包括电子采购、订单处理能力、虚拟库存管理等。企业发现3pl提供商缺乏当前所需要的综合技能、集成技术、战略和全球扩张能力。
